Villaputzu liegt am Fuß der Ausläufer des Sarrabus und geht, nicht weit von einem herrlichen Abschnitt der Südostküste Sardiniens, in eine Flussebene des Flumendosa über. Der Ortsname setzt sich zusammen aus lateinisch "villa", Städtchen, und dem campidanesischen Wort "putzu", das 'Brunnen' bedeutet und auf den Wasserreichtum des Gebiets anspielt. Dies bestätigt, dass seit alter Zeit Menschen hier verkehrten, wie auch verschiedene Fundstätten in der Gegend belegen. Materielle Spuren aus vorgeschichtlicher Zeit sind die Höhlengräber (domus de janas) in Torre Murtas, zahlreiche Nuraghen und Ruinen der phönizischen Stadt Sarcapos von 600 v.Chr. Die Stadt, die dem Sarrabus seinen Namen gibt, war ein wichtiger Handelsstützpunkt der Phönizier auf der Route nach Etrurien. Später ging sie an die Römer über und wurde so bedeutend, dass sie in das Itinerarium Antonini aus dem 2. vorchristlichen Jahrhundert aufgenommen wurde. Im Mittelalter gehörte der Ort zum Verwaltungsbezirk Tolostrai im Judikat Cagliari und ging dann zusammen mit der Burg Quirra in die Besitzungen von Giovanni Visconti di Gallura ein. Schließlich wurde er ein Lehen der Carroz. Der Ort breitet sich rund um die Pfarrkirche Santa Caterina di Alessandria aus, und sein Straßenbild ist durch typische traditionelle Steinhäuser geprägt.