C'est le long du fleuve Cixerri, dans la vallée du même nom, que l'on rencontre le village de Musei. Beaucoup d'hypothèses ont été formulées au sujet de ce curieux toponyme, mais aucune n'a pu être encore confirmée. Du Moyen-Âge au XVIIe s., le village s'appelait Villa di Prato. Puis les jésuites arrivèrent et il changea de nom en Musei, que quelques-uns pensent être le nom de Iesum retranscris en partant de la fin. D'autres pensent en revanche qu'il dériverait de "Moisè", soit le nom d'un groupe de juifs venu s'installer là, ou encore du terme sémitique "mosià" qui signifiait ' mansion '.

La présence de nuraghes ainsi que des vestiges puniques et romains montrent que cette zone a été habitée dès les temps les plus anciens, en vertu de la fertilité du sol irrigué par les eaux du Cixerri et de ses affluents. Au Moyen-Âge, Villa di Prato fit partie du Judicat de Calari et de la curatoria du Sigerro avant de passer, après 1257, aux mains de la famille pisane des Della Gherardesca. L'habitat actuel naquit suite à la donation que la famille des Rossellon . les feudataires qui étaient à l'époque propriétaires de toute cette zone . fit à la Compagnie de Jésus qui construisit l'église ainsi que le couvent auxquels de nouvelles habitations vinrent s'ajouter. Ces dernières prirent parfois des formes intéressantes, comme quelques petits immeubles, qui se distinguent des maisons basses caractéristiques de la plaine du Campidano, probablement à cause de la présence des Jésuites qui introduisirent ainsi un type de construction différente de celle qui était communément utilisée.

De fait, les Jésuites firent édifier, au XVIIe s., une église en style baroque tardif tout à fait intéressante. Qui plus est, ils la décorèrent de très belles œuvres d'art, parmi lesquelles une croix de procession en argent laminé. En effet, à l'époque où le village fut refondé, il possédait certains fours de fusion pour le travail d'objets en argent destinés au marché local. Le saint patron du village est bien sûr Ignace de Loyola, le fondateur de la Compagnie de Jésus, en l'honneur duquel une fête est célébrée le 31 juillet : à cette occasion, de nombreux fidèles ainsi que de simples visiteurs provenant des villages voisins se rencontrent à Musei.