El pueblo de Musei se encuentra a orillas del río Cixerri, en el valle del mismo nombre. Se han barajado muchas hipótesis sobre este curioso topónimo, pero ninguna se ha confirmado todavía. Desde la Edad Media hasta el siglo XVII, el pueblo se conocía como Villa di Prato. Después llegaron los jesuitas y el nombre cambió a Musei, que algunos creen que es el nombre de Iesum transcrito del final. Otros, sin embargo, creen que deriva de "Moisè", el nombre de un grupo de judíos que se establecieron allí, o de la palabra semítica "mosià", que significa "mansión".

La presencia de nuragas y restos púnicos y romanos demuestran que esta zona ha estado habitada desde la antigüedad, gracias a la fértil tierra regada por las aguas del Cixerri y sus afluentes. En la Edad Media, Villa di Prato formó parte del Judicato de Calari y de la curatoria de Sigerro, antes de pasar a manos de la familia pisana Della Gherardesca después de 1257. El asentamiento actual se creó cuando la familia Rossellon -los feudatarios que poseían toda la zona en aquella época- hizo una donación a la Compañía de Jesús, que construyó la iglesia y el convento, a los que se añadieron nuevas viviendas. Estas últimas adoptaron a veces formas interesantes, como algunos pequeños bloques de apartamentos, que se distinguen de las casas bajas típicas de la llanura campidana, probablemente debido a la presencia de los jesuitas, que introdujeron un tipo de construcción diferente del comúnmente utilizado.

Además, lo decoraron con algunas obras de arte muy finas, entre ellas una cruz procesional de plata laminada. De hecho, en la época en que se refundió, el pueblo contaba con varios hornos de fundición para trabajar objetos de plata destinados al mercado local. El patrón del pueblo es, por supuesto, Ignacio de Loyola, fundador de la Compañía de Jesús, en cuyo honor se celebra una fiesta el 31 de julio: con este motivo, se reúnen en Musei numerosos fieles, así como visitantes ordinarios de los pueblos vecinos.