Le sue origini sono millenarie, le fasi costruttive molteplici, ha ben quattro nomi e non è chiaro quando fu edificata, nonostante sia citata in un documento antico. Sono numerosi gli elementi che rendono particolare la chiesa di Santa Croce di Usini, a iniziare dalle denominazioni che si sono succedute: anticamente era Santa Maria d’Usine, poi localmente fu conosciuta come Madonna de s’Ena Frisca, ovvero della ‘sorgente fresca’, per la presenza di una fonte nelle vicinanze, e anche come Santa Maria del Cimitero, in quanto eretta nell’area in cui sorgeva l’antico luogo di sepoltura di Usini. Infine, nel XIX secolo, prese l’attuale nome dalla confraternita che ne assunse la reggenza.

L’edificio sorge lungo la via che, provenendo da Sassari, conduce al centro del paese, un percorso particolarmente frequentato. Precisamente la chiesa è posta poco oltre la metà del tragitto che separava il monastero sassarese di San Pietro di Silki e l’abbazia di Nostra Signora di Paulis, oggi in rovina, nel territorio di Ittiri.